Pour figer une longueur de liaison, un angle ou un dièdre, il est important de définir la directive Opt=ModRedundant.
%nprocshared=20 %mem=40GB %chk=/global/archive/phchm/ir-goettingen/s0opt2/ir_opt.chk #P b3lyp/def2SVP opt=ModRedundant scf=(tight,MaxCycle=500) pop=full iop(6/7=3) gfinput gfoldprint gfprint EmpiricalDispersion=GD3 SCRF=(PCM,Solvent=Acetonitrile) Complexe Ir avec B3LYP 1 1 C -2.38008 0.32587 0.65976 S -4.86842 0.34670 -0.74159 S -5.07214 1.14093 0.59786 C -3.51219 -0.45064 -1.51185 ... Ir 0.59352 0.00001 -0.00005 D 1 2 3 4 0.00 B D 1 2 3 4 F
Le D 1 2 3 4 0.00 B spécifie un dièdre (autres possibilités : X pour coordonnées cartésiennes, B pour longueur de liaison, A pour angle ou L pour flexion linéaire), les quatre atomes impliqués (spécifiés par leur numéro dans la liste xyz), la valeur du dièdre (ici 0.00) et B pour "build", c'est-à-dire créer cette définition redondante.
La ligne suivante, D 1 2 3 4 F, fige le dièdre à la valeur précédemment spécifiée. Ici, le dièdre est fixé à 0 degré.
Voici aussi un script de soumission SLURM :
#!/bin/bash #SBATCH -J opt #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=20 #SBATCH -p compute #SBATCH --mem=42G #SBATCH --constraint beegfs module use /usr/license/modulefiles module load gaussian export g16root=/usr/license/gaussian source $g16root/g16/bsd/g16.profile export TMPDIR=/public/`hostname -s`/scratch/tmp/$LOGNAME.$$ mkdir $TMPDIR g16 < ir_opt.inp > ir_opt.log rm -rf $TMPDIR